Pesantren Tahfizh Al-Qur’an Daarul ‘Uluum Lido merupakan pesantren rintisan yang berawal dari sebuah kelompok kecil di Pesantren Modern Daarul ‘Uluum Lido bernama Jam’iyyatul Tahfizh al-Qur’an. Kelompok ini terdiri dari para santri yang memiliki tekad kuat untuk menghafal Al-Qur’an. Jam’iyyah tersebut diresmikan pada 17 Ramadhan, bertepatan dengan malam Nuzulul Qur’an, dengan jumlah anggota awal sebanyak 20 orang.
Setelah peresmian, almarhum Kiai Ahmad Dimyati memerintahkan Ustadz Ahmad Yani untuk mencari pembimbing dan pembina hafalan bagi para santri Jam’iyyatul Tahfizh al-Qur’an. Ustadz Ahmad Yani kemudian mencari pembimbing ke Pesantren Ummul Qura’ Caringin, Maseng, dan terpilihlah Ustadz Ahmad Rifa’i Al-Hafizh sebagai pembimbing santri putra pada Juli 2002.
Karena saat itu belum ada pembimbing untuk santriwati, Ustadz Ahmad Yani juga mencari pembimbing hafalan bagi santriwati ke Pesantren Nurul Iman Caringin. Dari sana terpilih Ustadzah Hesti Al-Hafizhah sebagai pembimbing santri putri.
Seiring berjalannya waktu, minat santri untuk menghafal Al-Qur’an semakin meningkat. Selain itu, banyak alumni Jam’iyyatul Tahfizh al-Qur’an yang menunjukkan kualitas baik. Melihat perkembangan tersebut, pada akhir tahun 2014, Khadimul Ma’had Pesantren Modern Daarul ‘Uluum Lido, Kiai Muhammad Yazid Dimyati, S.Th.I., Lc., memutuskan untuk memindahkan santriwati ke tempat terpisah, yaitu sebuah vila di depan area pesantren, agar mereka dapat lebih fokus dalam menghafal Al-Qur’an.
Pada Januari 2015, santri putra menyusul dipindahkan ke lokasi tersebut. Selanjutnya, Khadimul Ma’had menunjuk Ustadz Tubagus Bay Amri Hakim, M.Ed. sebagai Mudir, dan Ustadzah Desi Maziyah, S.E. sebagai Wakil Mudir Pesantren Tahfizh Al-Qur’an Daarul ‘Uluum Lido.
Pada 1 Februari 2015, Pesantren Tahfizh Al-Qur’an Daarul ‘Uluum Lido resmi diresmikan oleh Khadimul Ma’had bersama Ketua Umum MUI Bogor, Dr. KH. Ahmad Mukri Aji, M.A., M.H.
Setelah berdiri selama satu setengah tahun, pada tahun ajaran 2016–2017, Khadimul Ma’had menetapkan bahwa Pesantren Tahfizh Al-Qur’an Daarul ‘Uluum Lido menjadi lembaga yang berstatus otonom.